Oto świat, w którym Shinji Ikari powstrzymał Projekt Dopełnienia Ludzkości. Dawna specjalna agencja NERV została przekształcona w NERV JAPAN dowodzony przez Misato Katsuragi, a piloci Evangelionów, już siedemnastoletni, trwają w gotowości na powtórne przyjście Aniołów. Jedna z kopii Rei Ayanami przeznaczonych do działania w Globalnej Sieci Wykrywania i Niszczenia Aniołów, zwana Quatre, wymyka się spod kontroli. Shinji próbuje opanować sytuację za sterami jednostki 01, ale niestabilny klon nie zamierza poddać się bez walki...