Kadet, któremu powierzono legendarną maszynę bojową, w końcu wyrusza do walki. W noc Festiwalu Grawitacji czwórka najlepszych pilotów Sidonii stawia czoła tajemniczej formie życia zwanej pustelniakiem. By uniemożliwić wrogowi dostanie się na pokład, kapitan statku decyduje się na desperacki krok.

Wychowany w podziemiach Sidonii Nagate Takanize, ryzykując własnym życiem, rzuca się na ratunek dryfującej w przestrzeni kosmicznej Shizuce Hoshijiro - dziewczynie, którą poznał jako jedną z pierwszych osób po wydostaniu się na powierzchnię.